No existen pruebas suficientes que permitan recomendar el agregado de prebióticos a los alimentos del neonato y así prevenir la enfermedad alérgica o las reacciones a alimentos.
Las reacciones a los alimentos y alergias (como asma, eccema y fiebre de heno) son frecuentes y podrían aumentar en los países desarrollados. Muchos neonatos se sensibilizan a los alimentos, incluso a las fórmulas para neonatos, a través del tracto gastrointestinal, un proceso que puede estar influido por la composición de las bacterias intestinales. Los intentos de promover el crecimiento de las bacterias gastrointestinales normales y prevenir la sensibilización a los alimentos incluyó el agregado de prebióticos a las fórmulas para neonatos. Los prebióticos son componentes alimentarios no digeribles que ayudan mediante la estimulación selectiva del crecimiento o actividad de bacterias "saludables" en el colon. En neonatos alimentados con fórmula y con alto riesgo de alergia, esta revisión no halló ensayos pequeños que informaran que combinaciones de prebióticos oligosacáridos agregados a las fórmulas para neonatos pudieron reducir la incidencia del eccema en neonatos hasta los seis meses de edad. Un segundo ensayo de neonatos de bajo riesgo no informó diferencias en el eccema. No se hallaron efectos adversos importantes sobre el crecimiento infantil. Son necesarios estudios adicionales para confirmar estos resultados, y determinar si los efectos persisten más allá de la infancia o afectan otras manifestaciones de la enfermedad alérgica.