Se debe preferir usar el fenobarbital cuando es necesario utilizar un sedante para mejorar los síntomas en neonatos con abstinencia a los opiáceos debida al uso de un opiáceo por la madre durante el embarazo.
El uso de los opiáceos (metadona frecuentemente prescrita o la heroína ilícita) por las mujeres embarazadas puede dar lugar a un síndrome de abstinencia en sus neonatos. Esto puede ocasionar la interrupción de la relación madre-recién nacido, dificultades para el sueño y la alimentación, pérdida de peso y convulsiones. Los tratamientos administrados a los neonatos para mejorar estos síntomas y disminuir las complicaciones incluyen opiáceos, sedantes (fenobarbital o diazepam) y tratamientos de apoyo (envoltura en pañales, asentamiento, masaje, baños de relajación, chupetes o camas de agua). Los ensayos con sedantes han sido en general de calidad deficiente. Los estudios individuales han informado que el uso de fenobarbital comparado con la atención de apoyo sola disminuye el tiempo de atención de apoyo que un recién nacido necesita, es mejor que el diazepam para prevenir el fracaso del tratamiento y disminuye la gravedad de la abstinencia en los neonatos tratados con un opiáceo. Sin embargo, no se han determinado los efectos a largo plazo del uso de fenobarbital sobre el desarrollo del recién nacido.